تري گليسيريدها كه مهمترين چربي شير مادر هستند به آساني توسط ليپاز به اسيدهاي چرب آزاد و گليسرول تبديل مي شوند. ليپاز علاوه بر دستگاه گوارش شير خوار در خود شير مادر هم وجود دارد. به همين جهت حتي قبل از شروع هضم چربي در دستگاه گوارش ، مقداري انرژي از طريق هضم چربي با ليپاز شير مادر در اختيار شير خوار قرار مي گيرد. چربي شير مادراني كه نوزاد نارس به دنيا مي آورند تا 30% از شير مادراني كه نوزاد رسيده به دنيا مي آورند بيشتر است. پروستاگلاندين موجود در شير مادر در سلامت مخاط روده هاي شير خوار نقش موثري دارد. آثار پروستاگلاندين در گردش خون موضعي ترشحات مغذي و ساير مخاطها ، تعادل الكتروليتها ،جذب روي،ترشح آنزيمهاي گوارشي و اثر مخاطي آن در مخاطهاي گوارش بر عليه سموم موضوع بررسيهاي عديده اي در سالهاي اخير بوده و همچنان ادامه دارد . تاكنون هيچ نوع شير خشكي كه حاوي پروستاگلاندين باشد به بازار عرضه نشده است. ميزان و نوع چربي مصرف شده و رژيم غذايي مادر بر تركيب چربي شير او موثر است به همين جهت تأمين تغذيه خوب براي مادران شيرده و مخصوص مادراني كه نوزاد نارس دارند توصيه مي شود. ميزان كلسترول شير مادر بيشتر از شير خشك است و به نظر مي رسد اين مسئله شير خوار را براي بهتر متابوليزه كردن كلسترول درسالهاي بعد دور آماده مي كند و به همين جهت عوارض قلب و عروق در افراد تغذيه شده با شير مادر كمتر از افرادي است كه با شير خشك تغذيه شده اند كلسترول براي تشكيل ميلين بافت عصبي،املاح صفراوي و هورمونهاي استروئيدي و تشكيل آنزيمهاي لازم براي كاتابوليسم ضروري است و با تغيير رژيم غذايي مادر تغييري در مقدار آن ايجاد نمي گردد.
نسبت چربيهاي اشباع نشده به اشباع شده در شير مادر او در شير گاو يك سوم است ميزان اسيد لينولئيك شير مادر 7-8 برابر شير گاو است كه در ساختمان و رشد مغز نقش دارد. شير مادر مقداري هم اسيد آراشيدونيك دارد كه براي شير خوار اسيد چرب ضروري محسوب مي گردد. و كمبود آن بروز در ماهيت ترومبوسيتوپني تاخير رشد و ابتلا بيشتر به عفونتها را سبب مي شود. چربيهاي شير مادر نه تنها منبع انرژي و حامل ويتامينهاي محلول در چربي هستند، بلكه در تكامل سيستم عصبي مركزي نقش اصلي را به عهده دارند.